不同大小的DNA片段，在碱性条件下带负电荷，在电流的作用下，由负极向正极移动，根据不同DNA分子片段的大小和形状不同，其在电场中泳动的速率也不同，于是在相同时间的情况下，经过紫外照射，就可以看到DNA的位置，从而达到分离、鉴定的目的。
琼脂糖凝胶电泳步骤：1、用蒸馏水将制胶工具洗干净，准备好制胶平板，用琼脂将模具边缘封闭，架好梳子；2、根据要分离的样品（DNA）大小配制合适浓度的琼脂糖凝胶。准确的称取一定量的琼脂糖干粉，加入到合适体积的锥形瓶中，加入一定量的电泳缓冲液（30ml左右TAE）；放入到微波炉内加热融化，冷却片刻（不烫手即可）。
3、融化后的琼脂溶液摇晃混匀，倒入电泳槽中，等其凝固；4、室温下凝固30-40min左右，小心的拔出梳子，取出凝固好的凝胶放入电泳槽内，准备上样；5、在电泳槽中倒入电泳缓冲液（TAE）；没过胶面1mm左右，去除胶孔内的气泡。
6、上样，5ulDNA样品加入1ul上样缓冲液（loadingbuffer）和1ul的染料，用抢混匀后加入到凝胶孔内；7、上样结束，接通电源，红色正极，黑色负极，DNA样品有负极往正极运动，加样孔侧为负40-50v电压，电压30敏左右即可（