1、举办方不同：独立学院是根据教育部的行政规章设立，为本科院校和社会上的个人所举办；而民办学院是根据民办教育法设立，举办方是社会上的个人及组织。2、办学层次不同：独立学院一定是本科院校，而民办院校既有专科，又有本科。3、学历证书不同：独立学院毕业证书上加盖的是大学和学院的印章，而民办院校毕业证加印的只有学校名称一个章。
独立学院与民办学院的区别
独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。
民办高校指的是企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办的高等学校及其他教育机构，其办学层次分专科和本科。国家鼓励社会力量举办实施义务教育的教育机构作为国家实施义务教育的补充。
除此之外，独立学院与民办学院的学费也不同。民办学院的学费比独立学院的学费高得多，民办高校的学费是公立大学的三到四倍。民办本科院校学费在16000-20000元/年之间，独立学院学费在16000-18000元/年之间。