1、一是对货币拥有者的剥夺。央行对商业银行的存款准备金实施负利率后，商业银行有可能向存款人转嫁成本，对存款人收取负利率。事实上已经有一些商业银行对部分机构客户实施了负利率。这直接侵蚀了存款人财富，伤害了依靠利息收入群体的利益。财富的缩减有可能导致居民消费需求下降，反而会抵消负利率政策扩大总需求的初衷。实际上已有学者指出QE或QQE扩大了收入差距，因为持续宽松的货币政策促进风险类金融资产价格上涨，使得持有股票、共同基金的富人从中获益，而穷人只能得到极少的利息收入，从而加剧了收入不平等。
3、三是不利于存款创造和实体经济融资。如果对居民存款也实施负利率的话，居民会大量持有现金，导致货币乘数下降，理论上可能降为零。危机前金融机构是存款创造或信用创造的主体，实行QE或QQE后，央行直接取代商业银行创造货币，替代商业银行做本来应该是商业银行做的事，而负利率的出现会进一步削弱商业银行的存款创造功能。
5、五是切换了交易规则和估值体系，可能造成金融交易的额外成本。负利率切换了金融交易的“坐标体系”。金融机构需要改变交易习惯，重新构建对应负利率的模型，调整金融产品估值体系。在操作层面上，原来的一部分交易系统只设置了零利率下限，因为负利率的出现需要重新设置参数、修改交易编码等，给金融交易额外增加了成本。在法律层面上，负利率使得债券作为抵押品的质量下降，容易引发违约风险，产生法律摩擦。