1、削弱庄稼生产能力：庄稼就和人一样，吃得太饱不仅不利于成长，反而会不利于健康。据全国测土配方施肥专家组组长、中国农业大学资源与环境学院院长张福锁教授介绍，施肥过量对庄稼造成危害的结果主要有两个：一个是容易倒伏，倒伏一旦出现，就必然导致粮食减产；另一个是容易发生病虫害，氮肥施用过多，会使庄稼抗病虫能力减弱，易遭病虫侵染，继而增加消灭病虫害的农药用量，直接威胁了食品的安全性。
2、加剧环境污染：过量的肥料会渗入20米以内的浅层地下水中，使得地下水硝酸盐含量增加。原来我们认为这是好事，在20世纪70年代，很多地区的农民都宣扬我们有肥水，这水抽上来一灌，就可以直接长庄稼，但到了20世纪80年代中期，欧洲人发现长期饮用硝酸盐多的水对人体健康有危害。尽管到目前为止，科学上对硝酸盐是否对人体有危害还存在争议，但是有一点是肯定的，从我国浅层地下水硝酸盐含量增加的现实看，氮肥的施用量是过多了。
4、浪费大量紧缺资源：氮、磷、钾是庄稼所需营养的“三要素”。大气中的氮气是绝大多数庄稼不能利用的氮素形态，必须通过高压高温，也就是通过消耗大量能源把它变成氨气态活性氮，再转化成能够被植物利用的其他形态作为肥料。过去生产氮肥主要以石油为原料，现在靠天然气和煤。这些能源都是我国的紧缺资源。这也正是化肥生产成本居高不下的主要原因之一。